Mesela

wp-includes klasörlerinde yaptığımız değişiklikler ne olacak?

demişsiniz.Ben bir Drupal kullanıcısıyım ama wordpress de kullandım.Bir topluluk tarafından geliştirilen hiç bir sistemde çekirdek dosyalara ve modüllere yaptığınız bir müdahale anlayışla karşılanamaz.Bunun yerine çekirdek dosyalarda yaptığınız değişiklikleri de kapsayan hook modüller yazmalısınız.Zaten bu ve benzeri sistemlerin en önemli özelliği modüler olmalarıdır.Eğer siz işlemlerinizi modül yazarak değil de çekirdek dosyalara müdahale ederek yapıyorsanız , her sürüm değişikliğinde bu işlemleri tekrarlamayı zaten kabul etmişsiniz demektir.

Wordpress tema yapısındaki yorumunuz ise son derece haklı.Kesinlikle tasarım ve kodlar birbirine geçmiş durumda.